У циљу ефикацијег и рационалнијег обављања делатности у Заводу су образоване следеће организационе јединице :
1. Служба за медицину рада:
1.1. Одсек за обављање превентивних прегледа;
1.2. Одсек за физичко хемијска и друга мерења ради очувања здравља запослених у безбедној и здравој радној средини;
1.3. Одсек за спровођење мера личне и колективне заштите запослених.
2. Служба за општу медицину и гинекологију и акушерство:
2.1. Одељење за општу медицину;
2.2. Одељење за гинекологију и акушерство.
3. Служба за специјалистичко-консултативну делатност:
3.1. Одељење за интерну медицину;
3.2. Одељење за психијатрију (неуропсихијатрија);
3.3. Одсек за оториноларингологију;
3.4. Одсек за офталмологију;
3.5. Одсек за дерматовенерологију.
4. Служба за радиолошку и лабораторијску дијагностику:
4.1. Одељење за радиологију;
4.2. Одељење за заштиту од зрачења;
4.3. Одељење за биохемијску, хематолошку и токсиколошку дијагностику.
5. Служба за правне, економско-финансијске и техничке послове
5.1. Одељење за правне, кадровске, административне послове и послове јавних набавки;
5.2. Одељење за финансијске и рачуноводствене послове;
5.3. Одељење за информациону и комуникациону технологију (ИКТ);
5.4. Одељење за безбедност, техничку и осталу подршку.